В настоящее время в состав МПА ЕврАзЭС входят пять факультетов и шестнадцать кафедр, выполняющих подготовку специалистов и бакалавров различного профиля.
Университет активно развивает международное сотрудничество со многими странами, среди которых Китай, Сербия, Армения, Белоруссия, Казахстан, Киргизия, Узбекистан, Таджикистан, Филиппины.
